تحول عظیم درونی و ساختاری در حوزه پس از انقلاب اسلامی سبب شد تا حوزه درصدد بازتولید علوم اسلامی در راستای تمدن نوین اسلامی گام بردارد بدین جهت حاکمیت موظف است در راستای تقویت بنیآنهای علمی حوزه قدم بردارد.
همه ساله در موعد فرارسیدن ارائه بودجه توسط دولت به مجلس جنجال های زیادی پیرامون ردیف و رقم بودجه نهادهای مذهبی علی الخصوص بودجه حوزههای علمیه ایجاد میشود.
عمده دلیل مخالفت کسانی که مخالف اختصاص بودجه به حوزه های علمیه هستند این است که حوزه نهادی فرادولتی و فراحکومتی است و فقهای شیعه از دیرباز بدون ارتزاق از سردمداران حکومت حوزه را اداره میکردند. اشکال اینگونه سخن آن است که در آن یک قیاس معالفارق صورت گرفته است. مقایسه حوزه دیروز و امروز قیاس معالفارق است. حوزه قبل از انقلاب حوزهای با رسالت درون مذهبی بود.
حوزهای که رسالتی جهانی برای خود تعریف نکرده بود و حتی مباحث فقه حکومتی به سبب اینکه دسترسی به حکومت اسلامی را دور از دست میدانست در حوزه مورد بحث قرار نمیگرفت. اما حوزه امروز به سبب انقلاب شکوهمند اسلامی و تشکیل حکومت اسلامی رسالت خود را پایهگذاری تمدن نوین اسلامی و بازتولید علوم دینی در راستای آن میداند. قطعا حاکمیت موظف است در راستای تحقق این اهداف نیازهای کلان حوزه را تامین و در این راستا یاریرسان حوزه باشد.
البته ناگفته نماند تا به حال مراجع و علمای عظام با تلاش و اهتمام خود کوشیداند تا در امر معیشت و شهریه طلاب هیچگونه بودجه دولتی دخیل نباشد و در این امر موفق عمل نمودند و اگر بودجهای به حوزههای علمیه اختصاص یافته صرفا متعلق به هزینههای اداری و تشکیلاتی است. با این وجود حاکمیت و دولت موظف است توجه و اهتمام خود را همانند دیگر نهادهای علمی و آموزشی مانند دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی به حوزههای علمیه و طلاب معطوف کند تا با همبستگی هرچه بیشتر قلههای تمدن نوین اسلامی فتح گردد.