برخی اشکالات و شبهات مربوط به فلسفه و فیلسوفان، منظری تاریخی دارند. این شبهات غالباً بسیار عوامانه و ضعیف هستند. در این بخش به چند مورد از آن‌ها و پاسخ‌شان اشاره شده است.
درباره فلسفه و فلسفه اسلامی شبهات و اشکالات متنوعی مطرح می‌گردد. عمده این اشکالات بسیار سطحی و ضعیف هستند و در بسیاری از آن‌ها به معنای فلسفه توجه نشده است. نیکوست با تعدادی از این شبهات و پاسخ مختصر آن‌ها آشنا بشویم.
اشکالاتی مرتبط با تاریخ فلسفه و فیلسوفان
1. ریشه و زمینه فلسفه اسلامی، مطالبی است که از فلسفه یونانی و غربی ترجمه شده است. این چارچوب تفکر بیش از آن‌که اسلامی باشد، غربی است.
پاسخ: اندیشه و تفکر، اختصاصی به افراد خاص یا منطقه جغرافیایی خاص ندارد. آیا دلیلی محکم و قاطع در دست داریم که متفکران یونان باستان، از حکیمان ایران، مصر و چین تأثیر نپذیرفته باشند؟ این ادعا پذیرفتنی نیست که تمام جهان خالی از اندیشه بوده و تمدن‌های بزرگ آن زمان هیچ حکیمی نداشته‌اند و تنها یونان صاحب فلسفه و حکمت بوده است. علاوه بر اینکه نوآوری‌ها و تغییراتی را که فیلسوفان مسلمان به منطق و فلسفه رایج پیش از خویش افزوده‌اند، نمی‌توان نادیده گرفت و نمی‌توان نقش نوابغ فلسفه اسلامی را به یک پیرو، مترجم یا شارح فروکاست. فرض کنیم این ادعا درست باشد که فلسفه اسلامی از فلسفه یونانی و غربی گرفته شده و تحت تأثیر آن بوده، سؤال اساسی اینجاست که با چنین ادعایی صحت یا سقم فلسفه اسلامی ثابت نمی‌گردد. اندیشه بشر در خلأ شکل نمی‌گیرد و انسان‌های خردمند پای روی شانه یکدیگر می‌گذارند و بالا می‌روند و این روند طبیعی مکاتب و گروه‌های مختلف حکمت بوده و هست.
2. فلاسفه عمدتاً زندگی تلخ و سرشار از ناامیدی و انزوا داشته‌اند. تعدادی جوان‌مرگ شدند، عده‌ای خودکشی کردند و گروهی در پایان عُمر دچار فراموشی و جنون گردیدند.
پاسخ: شاید برای منتقدان فلسفه عجیب باشد؛ اما فیلسوفان نیز انسان هستند. هر فیلسوفی سبک زندگی خاص خود را دارد. برخی اهل ورزش، دارای تغذیه مناسب و اهل معاشرت بوده‌اند و برخی درون‌گرا و در دوران قحطی می‌زیسته‌اند. برخی از فیلسوفان ثروتمند بودند و برخی دیگر فقیر و... . ارتباط دادن فقر، بیماری یا حالات روحی و روانی به اندیشه‌ورزی و حکمت دلیل می‌خواهد و نمی‌توان بدون مستند و دلیل چنین رابطه‌ای را ادعا کرد. آیا می‌شود ثابت کرد که بیماری قولنج ابن‌سینا به مسافرت‌ها و تلاش‌های فراوان او ارتباط نداشته و تنها به دلیل خواندن فلسفه این اتفاق رخ داده است؟! با این روش استدلال احتمالاً بتوان ادعا کرد که پزشکی نیز علم مضر و غلطی است، زیرا ابن‌سینا طبیب مشهور تاریخ، جوان‌مرگ شد. علاوه بر اینکه فیلسوفان توحیدی زندگی سرشار از امید و تلاش داشتند و غالباً از اراده‌ای قوی و پولادین بهره می‌بردند.
3. فلسفه در تاریخ خود پیشرفتی نداشته است. اختلاف و نزاع دائم بر سر مسائل کلی مانندِ خدا، جهان و انسان تاکنون ادامه داشته و نتیجه‌ای حاصل نشده است. درحالی‌که علم تجربی با شتاب به‌پیش می‌رود و مسائل جدیدی را حل می‌کند.
پاسخ: فلسفه به‌عنوان یک شاخه بزرگ تحقیقی، اکنون دارای گستردگی، گرایش‌ها و فروعات بسیار فراوان است. رشد علوم عقلی در زمان‌های مختلف رخ داده است و مانندِ بسیاری از علوم، در مقاطعی از تاریخ شاهد افول فلسفه بوده‌ایم. اختلاف نیز در بسیاری از علوم فراوان است و مثلا نمی‌شود با استناد به اختلاف فقها، علم فقه را باطل دانست. مسئله اساسی این است که روش عقلیِ ضابطه‌مند برای داوری و حل مسائل وجود دارد و می‌توان با رعایت اصول اندیشه، فلسفه را پیش برد.
4. فلسفه با نیتی خبیث و برای مخالفت با اهل‌بیت علیهم‌السلام توسط عباسیان ترویج شد. خلفاى عباسى با ترویج فلسفه قصد داشتند که روایات اهل‌بیت علیهم‌السلام را از رونق بیندازند.
پاسخ: به فرض که این مسئله از نظر تاریخی درست باشد، آیا اگر علمی به دستور ستمگری ترجمه شده باشد، این دلیلی کافی و منطقی بر بطلان آن علم است؟ خاستگاه جغرافیایی و علت تاریخی یک آموزه ربطی به صدق آن ندارد و سوءاستفاده از یک‌چیز دلیل بطلان آن نیست. تصور کنید که تدوینگر ریاضیات فرد خبیثی باشد و نیت بدی داشته باشد، آیا دیگر دو به‌علاوه دو چهار نخواهد شد؟!
5. همه یا بیشتر عالمان شیعی با فلسفه مخالف بوده‌اند و ما باید از بزرگان دین تبعیت کنیم.
پاسخ: بعضی از فقها و بزرگان هم مخالف فلسفه نیستند و فقیهان و بزرگان فیلسوف هم بسیارند. اصلاً به ندرت فیلسوفی در عالم تشیع می‌توان یافت که فقیه نباشد؛ آیات عظام محمدتقی آملی، علامه طباطبائی، جوادی آملی، حسن‌زاده آملی، شهید مطهری چند نمونه از فیلسوفان فقیه هستند. برخی از فلاسفه مرجع تقلید هم بوده و هستند؛ مثل آیت‌الله رفیعی قزوینی، امام خمینی رضوان‌الله‌علیه و آیت‌الله جوادی آملی.