گاهی اوقات سوال می شود که چه رابطه ای بین عقل و نقل هست ؟ یا اینکه آیا بین این دو (عقل و نقل) تعارضی واقع می شود یا خیر؟ در زیر به چند مورد از تفاوت های عقل و نقل می پردازیم :
1- فهم موضوعاتی چون قصاص، ارتداد یا سایر احکام مثل نماز و روزه و ...، علم می‌خواهد. عقل حکم می‌کند که انسان بدون علم نظر ندهد و حکم صادر نکند – عقل حکم می‌کند قوانین حقوقی باید کامل و جامع باشند – عقل اثبات می‌کند که حکم را باید شارع مقدس صادر و ابلاغ نماید – عقل حکم می‌کند که ابلاغ احکام با وحی صورت می‌پذیرد – عقل حکم می‌کند که اخذ کننده‌ی وحی علم کامل به آن دارد، نه هر کسی که آن را می‌خواند و یا می‌شنود – عقل حکم می‌کند که چند و چون را باید از او که عالم است پرسید و ... ، اما وقتی او حکم الهی را بیان نمود، الزاماً همه جوانب آن با عقل شناخته نمی‌شود.
مثلاً می‌توانیم با عقل خدای حکیم و هادی را بشناسیم و به ضرورت هدایت تشریعی و تکوینی پی‌ببریم، به ضرورت وحی و نبی پی ببریم، اما آیا می‌توان با عقل فهمید که چرا نماز ظهر چهار رکعت است و سه یا پنج رکعت نیست؟!
شاید با نور افشانی عقل و در پرتو دستآوردهای علمی به حکمت برخی از احکام پی‌ببریم، مثلاً بگوییم گوشت خوک یا شراب حرام است، چون این ضررها را دارد، اما آیا عقل یا علم می‌توانند به حکمت همه‌ی حقایق هستی، نظم آفرینش و حکمت احکام پی‌ببرند؟ در اینجا تعبد عقلانی، یا رجوع به نص بر اساس عقل مطرح می‌گردد.
2- دقت شود که «عقل در برابر دين قرار نمی‌گيرد بلکه عقل در برابر نقل قرار می‌گيرد که در برخی موارد عقل مقدم است (اعتقادات)، در برخي موارد (فقه و حقوق) عقل و نقل مکمّل هم ديگر می‌باشند. از اين رو، دين وحيانی و دين عقلانی در تفکر شيعی، تصور نمی‌شود. هر دين وحيانی عقلانی است، وحی و عقل از حقيقت عينی و خارجی گزارش می‌کنند و گزارش هر دو هماهنگ با يکديگراند، از اين رو دين غير عقلانی نداريم تا بگوييم رابطه آن‌ها چگونه است و کدام يکی بر ديگری مقدم می‌شود».
3- وجود خدای واحد، حی، علیم، حکیم، غنی، قادر و باقی با عقل اثبات می‌گردد، با چنین شناختی، ضرورت معاد نیز اثبات می‌گردد که خود دلیل بر وجود آن است، اما آیا می‌توان با عقل فهمید که عذاب یا آتش جهنم چیست؟ یا نعمات بهشتی کدامند و چگونه‌اند؟ با عقل می‌توان دریافت که خالق و معبود را باید عبادت و بندگی (البته با تعریف درستش) نمود، اما آیا می‌شود فهمید چگونه؟ حکم عقل این است که هدف قرار دادن، وابستگی صرف، عبادت و یا بندگی، در اطاعت محقق می‌گردد، پس باید تسلیم و مطیع بود، اما آیا عقل در می‌یابد که احکام یا دستورات چیست که فرمان ببریم و تسلیم شویم یا وحی لازم است؟
پس عقل و وحی هر دو از ابزار شناخت انسان هستند و این دو بال شناخت هیچ گاه در تعارض با یک دیگر قرار نمی‌گیرند.