گاهی به‌غلط، بخشی از تدریس‌های صورت‌گرفته یک مرجع تقلید منتشر و به‌عنوان نظر ایشان اعلام می‌شود درحالی‌که شاید آن چند دقیقه برش زده شده از تدریس وی، در هنگام پرداختن به طرح شبهه‌ای باشد که گاهی تا چند جلسه طول می‌کشد.
از ویژگی‌ها و امتیازات حوزه، آزاداندیشی و طرح نقطه‌نظرات مخالفان در دروس حوزه و نقد علمی آن در مباحثات علمی توسط اساتید حوزوی است. در این راستا گاهی اتفاق می‌افتد که شخصیتی علمی در حوزه علمیه، طی چند جلسه‌ی درسی، شبهه‌ای را به بهترین وجه و شیواترین بیان، ارائه می‌دهد تا جایی که شاید صاحب آن شبهه نیز خود از شنیدن آن لذت ببرد. این روش مرسوم در حوزه، از تفاوت‌های محافل حوزوی با دیگر مجامع علمی است که حوزویان عادت ندارند برای زدودن شبهه و کوباندن آن، اصل شبهه را ناقص و سست مطرح کنند.
در جمه طلبگی، استاد به‌خاطر رعایت امانت‌داری و نقل صحیح گفته دیگران، بر قوت و قدرت مطلب نقل شده می‌افزاید و حتی برای آن مبانی و استدلال‌های جدید و نوینی را ارائه می‌دهد؛ از نتایج این الگوی آموزشی، استحکام و اتقان افکار و نظریات حوزویان است که در شخصیت‌هایی همانند شهید مطهری متبلور شده است. طبق نقل‌ها برخی از نظریه‌پردازان سوسیالیست از اینکه تئوری و اصول مکتبی آنها به زیباترین شکل از زبان شهید مطهری طرح می‌شد، لذت می‌بردند و اعتراف داشتند شهید مطهری بسیار بهتر از خود سوسیالیست‌ها، گفتمان آنها را تقریر، پردازش و سپس در مرحله آخر نقد می‌کند.
آشنایی با الگوی آموزشی و شیوه مهارت یادگیری در حوزه علمیه ازآن‌جهت مهم است که بسیاری از مردم به آنچه که در محافل علمی حوزه‌های علمیه می‌گذرد، اشراف و آگاهی نداشته و اطلاعی از متدها و روش‌های تدریس در حوزه ندارند؛ امری که با اکتفا نمودن به استفاده متداول از رساله‌های عملیه تشدید شده و چنین ذهنیتی را شکل داده است که حوزه‌های علمیه عاری از فضای گفتگو، استدلال و نظریه‌پردازی است.
از دیگر آفات و آسیب‌های شکل یافته در پیرامون دروس حوزوی، تفکیک قائل نشدن میان «مقام درس» و «مقام فتوا» است. به این معنی که گاهی مرجع تقلیدی، در میان شاگردان خویش رأی و نظری را بیان می‌کند که با فتوای وی در رساله عملیه متفاوت است. چرا که او در کسوت استادی مجبور نیست مصالح عمومی و اقتضا اجتماعی موجود در سطح جامعه را رعایت کند؛ بلکه در کرسی تدریس فقط به استدلال‌های علمی فارغ از واقعیت‌های جامعه، استناد و سپس نتیجه‌گیری می‌کند.
پیش‌کشیدن این مسئله از آنجایی اهمیت می‌یابد که گاهی به‌غلط، بخشی از تدریس‌های صورت‌گرفته مرجع تقلیدی منتشر و به‌عنوان نظر ایشان اعلام می‌شود؛ درحالی‌که شاید آن چند دقیقه برش زده شده از تدریس وی، در هنگام پرداختن به طرح شبهه باشد که گاهی تا چند جلسه طول می‌کشد و یا حتی ممکن است آن صوت منتشر شده، در جمع شاگردان بیان شده باشد که هدف اصلی، پرداختن به مسئله‌ای از زاویه علمی صرف و بدون لحاظ هر ملاحظه‌ای بوده و نظر نهایی و فتوای آن مرجع دینی نباشد؛ چرا که در مقام فتوا، مجتهد نیاز به دخالت‌دادن عنصر زمان و مکان و بسیاری از عوامل خارجی دارد که در مقام تدریس نیازی به پرداختن به آن نیست.
در روزهای اخیر هم متأسفانه بخش‌هایی از بیانات آیت‌الله جوادی آملی (مدظله) به‌صورت گزینشی و گسترده منتشر شده؛ درحالی‌که برای اهل‌فن و آشنا به مبانی ایشان مشخص است که این سخنان در میان شاگردان ایشان مطرح شده و نسبتی با مواضع و دیدگاه‌های سیاسی اجتماعی و رسمی ایشان ندارد.
از این روی باید انتشار آن را نوعی بداخلاقی دانست که تلاش شده نظریات مطرح در میان شاگردان به‌منظور «تدریس» را به‌عنوان «فتوا» و دیدگاه ایشان جا زده شود؛ امری که واکنش دفتر معظم‌له را در پی داشت و از همگان درخواست شد تا تنها به مجموعه آثار منتشر شده از سوی ایشان استناد داده شود.