جدایی فضای مدارس از مساجد و فاصله انداختن میان این دو نماد فرهنگی، ارمغان معماری مدرن بوده که متأسفانه با ورود آن به کشورمان، امتیاز ترکیب تعلیم‌وتربیت با بهره‌گیری از فضای مساجد از میان رفت.
در نظام آموزشی موجود در کشور در پیش از تسلیم کامل کشور در برابر شیوه متداول آموزشی غرب، امتیازها و تجربیات گران‌قدری داشت که متأسفانه با نگاه بدبینانه و حقارت پندار متولیان آموزشی کشور که در دوره تجددخواهی، عموماً از فارغ‌التحصیلان دانشگاه‌های غربی بودند به‌کلی محو و از عرصه آموزشی کشور حذف شد. درحالی‌که به‌درستی امکان تلفیق امتیازات آموزشی در بوم ایران با دستاوردهای جدید علمی در زمینه آموزش و تربیت وجود داشت.
از جمله این امتیازات تمدنی در فرهنگ ایرانی-اسلامی، دائر شدن مدارس در کنار دیگر مجموعه‌های مشابه همانند مساجد بود که با توجه به اثرگذاری شگرف معماری ایرانی و دسترسی دانش‌آموزان به یک فضای متفاوت از محیط خسته‌کننده آموزشی، می‌توانست برانگیزاننده تمایل و رغبت درسی در میان رده‌های مختلف تحصیلی باشد. همچنین اُنس با محیط‌هایی همانند مساجد که آمیخته از عطر معنویت است، به‌عنوان یک یادآور و معلم تربیتی می‌توانست در رشد و تعالی دینی و فرهنگی قشر دانش‌آموز نقش شایسته‌ای را ایفا کند.
علیرضا کریمیان، مدیرکل آموزش‌وپرورش تهران به‌تازگی گفته است:
«مدرسه ایده‌آل ما در تعامل با مسجد و کانون‌های محلی است، هر مدیری که توانسته چنین تعاملی ایجاد کند، مدیری موفق است». از این روی و برای ساختن نمونه موفقی از نظام آموزشی لازم است طراحان ساختار شهری در فکر جانمایی صحیح مدارس و ساختن آن در جوار مراکز دینی همانند مساجد و اماکن متبرکه باشند تا ضمن ترکیب زیبای تعلیم‌وتربیت، مساجد و مدارس به جایگاه اصلی خویش بازگردند.
در گذشته‌ی تمدنی ایران که هم اینک نیز بخش‌های از آن به‌عنوان میراث معماری ایرانیان ثبت ملی و جهانی شده، تلفیق محل عبادت و محل درس‌آموزی به‌خوبی جلوه‌گری می‌کند که از جمله می‌توان به میدان نقش‌جهان اصفهان اشاره کرد که علاوه بر مقر حکومتی صفویه، مسجد شیخ لطف‌الله در کنار مدارس علمی بنا گردیده است. این شیوه جالب در معماری در شرایط کنونی کشور و باتوجه به کمبود فضای آموزشی و لزوم افزایش سرانه ساختمان‌های آموزشی باید در مسیر بازبینی و احیا قرار بگیرد.
البته باید توجه داشت مدرسه و مسجد هیچ‌کدام جایگزین همدیگر نبوده و در گذشته نیز فضایی متمایز داشته‌اند؛ اما بی شک می‌توان از این دو عنصر به‌عنوان مکمل و هم‌افزا برای طراحی ساختار آموزشیِ سالم و نشاط آفرین استفاده کرد.